大门楼高10余米，建筑面积为36平方米，两边有八字墙，两个门，门面通宽三十几米，甚为壮观。是单檐歇式砖石结构。门洞为拱卷式，外部完全仿制木结构，檐下斗拱、垂珠、挂砖，均为砖雕。按伊斯兰教大小清真寺，在装饰画面上不采用人物或动物，只用经文和花卉作图案的规定。真教寺大门楼上呈现的龙凤等吉祥之物的砖雕，形体全用花卉图案凑成，素有“似兽非兽、有眼无珠，远看是兽，近看是花”之说。另外横枋上还嵌有砖雕伊斯兰教焚香用的炉瓶及经卷等图案。大门正面匾额是石刻“真教寺”，背面横额砖雕阿文“麦斯吉德”（音译）其意为“礼拜真主的地方，”俗称“主的天房”。
二门是单檐硬山式建筑，面阔三间，建筑面积为四十五平方米，檐下施斗拱，墀头砖刻伊斯兰教经文和图案，工艺精湛，六扇朱红大门三米多高。均有匾额，正中是明成化丙戌科进士刘瓒题字“开天正教”；右为清代镇守山东登州等地的总兵官军提督密勇巴图鲁马建纪题字“默德真传”，左为清康熙二十三年掌教赵璜、张养心、刘翰美题字“瞻天仰圣”。现存二门为乾隆二十年重修。大殿（即礼拜殿）是全寺的主体建筑，建筑面积六百多平方米，能同时容纳七、八百人礼拜。因此，大殿采用了二座三座并列的连造方式来加大总进深。仿照了园林和住宅中小型建筑上常用的三卷殿式样，即“勾连搭”做法。由前殿、中殿和望月楼三个相联的部分组成。前殿面阔五间，进深五间，中殿面阔五间，进深二间，望月楼面阔五间，进深二间，望月楼底突出部分是“米海拉布”（壁龛的音译）。整个大殿平面呈“凸”字形。群众中还有“米海拉布”为“主”字的一点，望月楼为“主”字的上横，中殿为“主”字的中横，前殿为“主”字下横，进殿礼拜的主道为“主”字竖笔，整个殿身平面为“主”字形的说法，正符合礼拜殿是“主的天房”的意思。大殿起台一米多，周围用三十六根圆柱构成环绕抱厦。大殿顶是由前殿中殿两个歇山顶，连接一层望月楼下层，构成整个殿顶，有起有伏，变化多姿，气势宏伟。望月楼正脊高大，花纹精致，屋脊施吻兽，挑角垂风铃，博逢下悬垂鱼，小红山深进，属宋、元代建筑形式。
望月楼是穆斯林斋月，登高望月的地方。在蒙昧时代，穆斯林入斋和出斋都以望见新月为标准。按照伊斯兰教规定，每年回历八月十九或三十，以能看到新月的第一天为准。现在普遍应用伊斯兰教历。真教寺望月楼又兼作拜克楼，也称作宣礼塔。按照教规，当穆斯林趋寺礼拜前，宣礼员必须登临此塔。向四周召唤他们前来礼拜。
“米海拉布”是阿拉拍文“壁龛”的音译，即前面提到的大殿平面“凸”字的突出部分。伊斯兰教规定认主独一，殿内并无神像敬供，壁龛的用意是指示做礼拜的朝向，即正对圣地麦加“克尔白”的天房。真教寺“米海拉布”的砖雕艺术极为精细，体现了伊斯兰教的建筑特色。
百字赞碑亭座落在二门后大殿之前面，阔三米，高四米，歇山顶，砖石结构，斗拱垂珠，挂砖均为雕刻。碑亭正面是明太祖高皇帝敕建礼拜寺于金陵，御制至圣百字赞，背面是圣谕。此碑亭原为乾隆二十五年立，“文革”中被砸毁，现碑亭为１９８５年重修真教寺时重建。南北讲堂又称南北配殿，座落在二门大殿前两侧，各面阔五间，单檐硬山前廊式，建筑面积均为140平方米，横枋和墀头有阿文图案，正脊垂脊均为花脊，造型古朴典雅，是开学阿訇给大学班海里凡讲经的地方。沐浴室称水房，是伊斯兰教寺普遍都有的建筑物。因为古兰经中写到“真主是喜爱洁净的人”，明朝以来伊斯兰教称清真教，就是与清洁有关。沐浴分大净小净，大净在单室内进行，小净是许多人都在一个池边用汤瓶壶冲洗。礼拜和进行宗教仪式前必须沐浴。只有沐浴（带水）才能进行宗教仪式。沐浴室为五间，能同时容纳30人进行大净小净。
南北学堂，阿拉伯文音译为马克塔伯，座落在大门和二门之间，主甬道两侧，各成院落，面阔三间，硬山前廊式，是儿童念经的教室。
敬义堂，在北角门内，北学堂以东另成院落，是乡老议事，管帐人收寺院地租和信教群众纳乜帖的地方，每逢大节和要事，乡老和民族宗教上层人物，都聚集至这里议事。
真教寺和其它伊斯兰教寺一样，是穆斯林进行宗教活动的场所。现在已成为穆斯林政治、宗教、文化、体育活动的中心。
青州真教寺的修复和开放，对于贯彻执行党的民族宗教政策，搞好民族工作，加强民族团结，调动穆斯林投身祖国现代化建设的积极性，有着重要的意义和作用。对于增进我国同信仰伊斯兰国家和地区之间的友谊，发展旅游事业，对于研究伊斯兰教学术、中国民族史和地方史志以及建筑艺术等方面都有一定的价值。青州真教寺的修复为青州市的城镇建设和文化生活增添了新的光彩。
最近，东关真教寺已成为青州旅游“民俗一条线”的重要组成部分，成为我市一道亮丽的风景线，他正以崭新的面貌，接待国内外游人，给人们留下了良好的印象。
